Аудит материально-производственных запасов (готового сырья, расходных и стройматериалов, офисных принадлежностей и источников сырья) проводится по сверке операций в отношении материальных ценностей, а также аудитор может проводить инвентаризацию (либо потребовать её проведения от бухгалтерии компании). Аудитор может также проводить процедуру подтверждения, то есть проверить отчётность по перемещению материальных активов. Часто выполняется и пересчёт - расчёт численных показателей первичной документации.
Для аудита МПЗ используются и разнообразные бухгалтерские регистры. В случае, если аудитор считает те или иные операции подозрительными, он прибегает к инспектированию, то есть выполнению регулярных проверок учёта.
Следует обратить внимание на учётную политику компании. Например, должна проводиться ежегодная инвентаризация, вестись учёт движений материально-производственных запасов, проводиться систематические сверки по бухгалтерии. Трудовые соглашения кладовщиков и других работников склада должны обязательно содержать пункты о материальной ответственности.